第一卷:六院风云
一个先天残缺一魂一魄的西蜀少年陆云，在苍风岭得怪人师傅传授佛、道、儒、魔、鬼五派法诀，艺成之后，陆云按照先祖遗言去取家传之宝，又得百世先祖传授灭神剑、灭魂刀两把绝世神兵和神奇无比的天地无极法诀。
陆云前往易园学艺，在路途之上结识了同样前往易园学艺的林云枫，林云枫和陆云二人分别进入易园的阴院和阳院学习。正当陆云在易园学艺之时，易园阴魂林中出现了鬼域的鬼仙，由于天龙灵脉被毁，大批的魔域高手开始暗地里进入人间，天地之间三大邪器之一的天邪魔魂刀也已经现世，正个三间七界开始暗流涌动。
六院论武之时，为了争夺五彩仙兰，妖域的不灭黑莲，魔域的魔仙和鬼域的鬼仙先后现身太玄山，甚至连洪荒奇兽三头灵蛇和天剑院的守护神鸟五彩大鹏也被惊动，但是最后五彩仙兰却被一神秘云彩所得。陆云击败天剑院的剑无尘获得了六院论武的冠军，易园有史以来第一次登上了六院之巅，成为六院的领袖，但是随即就传来鬼域破封的消息。
第二卷:鬼域之旅
易云、剑无尘等六院精英弟子前往三间七界之中最凶险的鬼域寻找封魂符，期间危险重重，无数次徘徊在生死边缘，陆云众人不仅见证了被三大鬼王联合封印了千年的鬼域三凶的复活，更是见识了两千年后再度重生的鬼域至尊煞血阎罗的恐怖。鬼域之旅期间，陆云灭掉了鬼域无魂间的无魂鬼王和生死间的亡灵尊主，但却被亡灵尊主种下了亡灵诅咒，只要陆云一冲动发怒整个人就会变的邪恶无比。剑无尘等人身陷幽灵鬼海，连师弟冷家豪也不幸身死，危机时刻，剑无尘被一神秘人所救，并得神秘人传授紫华吞日**和神器血河图。
人间，大批魔兽涌入人间，六院高手开始除魔行动，在九天虚无界和云之法界的联合策划下，三派联盟先期成立，并开始策划成立六院联盟。
第三卷:魔乱天下
鬼域之旅结束，剑无尘拿到了封魂符和血玉玲珑塔，陆云得到了化魂符和一半的乾坤玉壁，天剑院子和儒园各有一名弟子战死。陆云化名圆木行走人间，救了名十分娇媚的女子，二人结伴同行，期间又结识了浩天府主文不名和云雾峰的归无道长，在陆云的撮合之下，文不名和归无道长二人成立了除魔联盟。为了得到魔龙珠和奈何珠，魔域血界高手屠杀了一个小山村，没想到却给血界带来了覆灭的命运。
魔域四界齐聚人间，连四大魔尊也全部现身，真正是魔乱天下，为了应对如此形势，万象玄尊出世寻找传说中的逆天之子，各大隐世门派和隐世的妖魔也纷纷现世。六院联盟成立之日，六院方面以陆云身怀邪恶法诀为由要消灭这个传说中的逆天之子，最后陆云反出六院，但是在陆云孤战天下之时，妖域的黑煞虎王却一举灭掉了道园。
第四卷:太阴之劫
三间七界齐聚人间，太阴之劫已经开始显现，六院联盟和妖魔五战五败，连凤凰书院也被魔域黑暗界所灭，三派联盟高手只剩下两人。黑煞虎王扎根梁山，魔域黑暗尊主和妖域三眼龙狼接触频繁，妖域水麒麟天王玄夜化名逝水流进入人间寻找妖皇重生的条件，西域不夜城传人北风力挑六院联盟五大高手，已经被煞血阎罗统一的鬼域扎根阴山。
陆云在苍山血河见证了石人复活，得到了完整的乾坤玉壁，东海一游，陆云用乾坤玉壁收复了四灵神兽。在一处神秘的山谷之中，陆云得到了圣龙符，但同时也解除了地阴邪灵的封印。在凤凰书院，陆云救下了奄奄一息的沧月，随后二人前往魔域去救沧月的师叔。
第五卷:六院烟灭
在剑无尘的设计之下，黑煞虎王在梁山的势力被连根拔起，但六院联盟的根据地雅园也被黑煞虎王所灭，整个六院联盟几乎瓦解。在同一日，正道联盟华山会盟，除魔联盟开山立派，玄风门南疆祭天，再加上阴山的鬼域、丹华山的龙魔战线和被瑶光追得四处躲避的魔域血界，还有四大绝地、五大洞天、魔神宗等修真门派和其他妖魔鬼怪，整个人间形势十分复杂。
鬼域灭掉了天剑院，但是黑河鬼王却被除魔联盟所灭，龙魔战线灭掉了儒园，陆云灭了鸣萧阁但是却让鸣萧阁主逃脱，陆云救了凄苦少年黄天但是黄天在吞食了万兽魔珠之后却使得天煞重生，菩提学院也因此灰飞烟灭。
第六卷:妖皇重生
易园因为鸣萧阁主的诡计被阴尸鬼王和黑暗尊主所灭，六院全部毁灭，剑无尘这个六院联盟之主成了了光杆司令，通灵鸟被魔神宗主白云天假扮道院云华骗走，但是剑无尘却在机缘巧合之下得到了至强神器后裔神弓。
陆云前往妖域，在幻兽洞天之中学会了百兽凌天身法，与妖皇裂天记忆重合，见证了这位当年七界霸主的强横实力，也学会了妖皇的太乙不灭心法，成就了不灭之体。
第七卷:情变华山
陆云识破了煞血阎罗的诡计，将计就计一举摧毁了龙魔战线，在瑶光和魔域血界两败俱伤之际，鬼域煞血阎罗一举灭掉了血界，躲避在此地的妖域黑煞虎王的肉身也被煞血阎罗所毁，如此，域之三界在人间的势力已经全部消灭，正道联盟和玄风门闭门不出，整个人间就成了鬼域的天下。
玄风门控制了天剑院的柳星魂，剑无尘在柳星魂的建议下用巫术迷惑了张傲雪，张傲雪在完全失忆和心神被迷惑的情况下答应嫁给剑无尘。
第八卷:惊天之战
为了阻止傲雪和剑无尘结婚，毕天和李宏飞拼死相救却被剑无尘所杀，成为了最不幸的人，关键时刻天穆风出现，用燃灯佛印将傲雪救醒。情变华山的消息传到除魔联盟时，陆云和除魔联盟等人立即动身赶去华山。
陆云赶到黄土高原时婚礼已经开始举行，陆云为救傲雪大战剑无尘，剑无尘使出神器后羿神弓欲毁灭陆云，被随后赶来的沧月用身体挡住，沧月当场死去，在亡灵诅咒的影响之下陆云一怒杀死了正道联盟六成的普通弟子，随后自己跳下阴阳极地的神秘山洞之中寻找沧月。
鬼域、玄风门纷纷卷入这场惊天之战，无心大战剑无尘，不幸死在后羿神弓下，但是无心死前使出暗影蔽日终于引发了太阴蔽日。魔天尊主带领高手占领华山，太阴蔽日当日万魔之王复苏，但是却被随后赶来的妖皇裂天击败，妖域高手又占领了华山。
第九卷:天之三界（上）
当年天煞横空，弄得三间七界生灵涂炭，无人能够对付他。那时，世间一个神秘门派突然派出高手，手握震天至宝——天威令，与那天煞苦战数日，合人间无数高手之力，在付出了惨重的代价后，终于毁灭了天煞的灵体。可惜却毁灭不了他的不灭元神，因为他是秉承天地凶煞之气而生，只要世间存在着凶残的杀戮，天煞就永远不会毁灭。当时，天煞重伤虚弱之极，为了阻止他继续为恶，人们便将他的元神封印了起来，谁知道他最终还是得以重生。当初，在那惊天动地的一战中，天威令虽然毁灭了天煞的灵体，自身也受到了一定的损害，脱落了一片五彩之晶，那便破天神针。在武夷山天煞峰神秘的武夷仙境之中，为了对付天煞，黄天和玉华真人的元神融合，由于实力的巨大差距，黄天的元神最后不得不退守中枢神经，为此，天煞恼怒不已，留下一个祸害，让他有些不快。不过天煞也不在意，以他的强大，黄天那微弱的元神，即便能存活下来，也只是苟延残喘，构不成什么威胁。看着阴暗的天空，天煞厉声道：“宿世轮回，不变使命，欲灭万法，天地合一。太阴出现，宿命开启，成败得失，只在一心！”震耳的厉啸回荡在群山之间，述说着淡淡的神秘。武夷，这曾经的仙境，在这一刻因为天煞的缘故，而逐渐发生变异。当太阴蔽日最猛烈的一刻散去，天煞离开了武夷山脉，就宛如一个从地狱走出来的死神，开始了他的毁灭之旅。三间七界，九天十地，都随着天煞那移动的脚步，而陷入了一场惊世浩劫。
在阴阳极地的神秘山洞之中，充满了强大的神秘之力，在生与死的紧要关头，乾坤玉壁自动飞出救主，原来乾坤玉壁之中封印着和山洞之中相同的阴阳之力，但是随着压力的增加连乾坤玉壁也无法抵抗那股强大的阴阳之力，陆云为打破阴阳极地的束缚凭借忘尘珠的圣灵之力和玉无双结合，慢慢融合了外面的阴阳之力。陆云在神秘山洞中的神奇光壁上握了一套新法决，名为:“太虚法决”。并且帮助玉无双一起习得，这套法决类似于“天地无极”，弥补了“虚无空痕”法决只防守不能进攻的缺点。可谓神奇之极，不亚于“天地无极”。陆云在用灭神剑与那神奇光壁的对决中，由于他和玉无双一真是结合体，所以玉无双和陆云的意识重合，学会了陆云体内的五派法决，修为狂增了十倍，练成了凤凰书院的最高法诀凤翅天翔。达到归仙之上的境界，由于陆云与玉无双结合的过程中吸收了大量先天精纯的阴阳之力，使玉无双又年轻许多，并且永远定格在一刻，成为世间最美丽的女人。乾坤玉壁在对神奇光壁的对决慢慢吞噬了那神奇光壁的力量，形成一套完美的阵法，就是自动显示了乾坤玉壁里的一切秘密，然后分成乾坤两块分别与陆云和玉无双结合，融入其体内，一半印在陆云胸前，另一半则印在了玉无双的胸前。不幸的亡灵诅咒力量也变的非常强大，妄尘赠的宝珠与乾壁结合阵压了那邪恶的诅咒。陆云的修为也在阴阳之力作用下狂增五倍，完全练成了天地无极的第八层所向无敌，修为进入了至霸之境，意念神波也提高到了一个更高的层次。为了对抗控制阴阳之力的神奇光壁，陆云平生第二次施展灭神剑，关键时刻陆云头顶突然传来一股霸绝天下的气息，一股七彩光剑自陆云的头顶飞出，拥有强大力量的陆云暴发出惊天的力量一举毁灭了那神秘的山洞，这一刻人间的修真之人都感觉到了这股强大的力量。陆云对沧月的痴情让玉无双很是幽怨与无耐，虽然她知道了陆云的一切秘密，又爱又恨。最终两人含恨而别。