反抗之火终于点燃。火势迅速蔓延。除了狂信家庭，妻子们大多反对丈夫参加暴动，不过，单凭女人的力量，毕竟难以阻止。
岛原城的松仓家立即派出讨伐的军队，逮捕了祸首三吉等人，加以斩首，以显耀领主的威势，但这只是极短暂的胜利，旋即为各地的暴动势力所击破，岛原城被围困，要守住城池，松仓家费尽九牛二虎之力。
这次暴动从一衣带水的细川领肥后长洲附近也可望见，岛原城下城外，处处都有火舌，枪声频频传来。
细川家家老长冈佐渡得急讯后即策马趋赴长洲，果如急讯所言，询之渔夫，始知天主教徒已在天草和岛原暴动。
确实情况虽不得而知，佐渡认为事态紧急，立即驰回。不巧，这时忠利侯和世子光尚都在江户，佐渡与有吉赖母、长冈监物二家老相商后，遣飞脚(7)向丰后的幕府目付(8)牧野信藏和林丹波报告说：“岛原、天草事态严重，本藩愿遣枪队赴岛原、天草支援。”
之后第三天，岛原的松仓家亦因藩主不在，由重臣署名，吁请细川家派兵支援。
“天主教徒已暴动，为数达五千人。烧毁各村庄，迫近岛原城，祈以邻国之谊遣兵支援，是所至望。”
但依先时颁布的“公事法规”称，诸藩无视邻国遇何事变，非经幕府指令不得擅自行动，违反者概处以改封、没收领地之严刑。
因此，佐渡才迅速向幕府目付报告，探视其意向。松仓家向细川家乞援的同时，也向目付报告藩内的巨变，并请求允许细川家遣兵支援。
但是，牧野信藏和林丹波两目付皆欲窥测上司意向，不能速下决断，去函大阪城代请示，而向细川家指示说：“一切须待江户来函，再做决定。”
三家老等重臣对目付拖延之举都大为气愤，因为天草与岛原唇齿相依，起兵暴动的动向日益明显，事态已迫在眉睫，天草目前虽为寺泽领地，但仍可说是肥后的一部分。