暴动团体的势力与日俱增。天草与岛原以四郎为首领，总共一万两千多人都执戈起事。
而且，按照原先计划，为了闯入长崎，全部集结在岛原城附近。然而就在这时，听说天草领主寺泽的军队已攻向天草，岛原的暴动团体奔赴天草，在本渡逆袭，大破寺泽军。
寺泽残兵逃进富冈城，暴动团体追击猛攻，但富冈城固若金汤，不易攻占。暴动势力暂且撤至大矢野岛。岛原暴动爆发至此已过了二十多天。
暴动团体在大矢野岛召开军事会议，决定以岛原南部有马的原城为根据地，倾全力修筑城池。
原城是一座仅留下石墙无人居住的旧城。暴动团体仅花数日便奇迹般建立起堂皇的城堡。住在城里的老壮男女共三万七千人，粮食也很充裕，枪只有五百三十挺，所以暴徒们都意气昂扬。
十二月一日，幕府的征讨使板仓重昌抵达肥后的高濑，开始召集诸藩代表举行讨伐会议。
板仓重昌是京都所司代板仓胜重的次子，一般认为才略胜其父，是极适于担任征讨使的人物。老中和大名对选他做征讨使没有异议。大名也都为他饯行，但只有一个人高喊道：“完了！”
这个人就是柳生但马守宗矩。
当时他在某家看杂耍，听到重昌任征讨使正从江户启程，立即从席上借了一匹马追重昌至川崎，最后仍没追上，只好掉转马头于三更半夜入江户城，谒见将军家光，谏请家光即刻召回重昌。
“什么，你说重昌不能胜任？”重昌是家光宠臣，故家光变色反问。
“并非重昌不能胜任。重昌于今位高禄重又兼司重职，为世人所敬畏，实为至宜之人选。但要他领导九州粗犷的大名则威信不足，若久战无功，则身负重责，势必不能生还江户，由此而失去将来有为人物，实非所愿。”但马守诚恳陈述。
家光亦颔首称是，但家光对暴动当地现状并不确知，不以为意，故仍置之不顾，无意召还。与武藏齐名的大兵法家柳生但马守此次所见丝毫不差。