成为族长之后，神农继续为人族做出贡献，神农见人族虽然能够通过采摘野果充饥，也能通过蓄养家禽来丰富食物，但是却缺少了主食之物，因此，神农走遍了人族各地，为人族寻觅得稻、黍、稷、麦、菽五种植物，神农发现这五种植物的充饥能力比普通野果强太多了，于是将其推广到整个人族，神农还将稻、黍、稷、麦、菽合称为五谷，成为了人族的主食。
并且神农还经过长期的实践，终于总结出了如何种植五谷的方法，并用了几十年的时间，将其推广到整个人族，得到了整个人族的爱戴。
在神农六十岁的时候，在一众人族首领的簇拥下前往人族圣庙，神农不同于伏羲，伏羲接掌人族共主的时候，人族从来都没有共主，所以伏羲只需要得到所有人族的拥戴就可以了，而现在，虽然伏羲已经成就了人皇圣位，变成了三皇之一的天皇，但是伏羲仍然还是人族共主，所以神农必须要得到伏羲的传位之后，才能成为真正的人族共主。
神农来到人族圣庙之后，先是拜见了人族三祖，然后进入圣庙见到了伏羲。
“烈山部落神农拜见伏羲天皇！”神农恭敬的向伏羲行礼道。
伏羲笑了笑，说道：“你终于来了，本皇已经在此等候了你几十年了，既然你来到此地，那就代表你已经得到了整个人族的认可，既然如此，那今日本皇就正式将人族共主之位传与你，望你日后能够造福人族，莫要让本皇失望。”
“神农领命！”神农应道。
随后，伏羲领着神农走出圣庙，当着所有人人族部落首领的面，将人族共主的位置传于神农，神农也正式成为了第二任人族共主。
不过伏羲也只是将人族共主传给了神农而已，崆峒印还没有交给神农，毕竟现在的神农只是人族共主，还未有成就人皇圣位，还没有资格执掌崆峒印，所以伏羲并不会在这个时候将崆峒印交给神农，而崆峒印也不会在这个时候承认神农的。
神农离开了人族圣庙之后，就再次回到了烈山部落，而人族的中心也从风衮部落转移到了烈山部落。
在接掌了人族共主之后，神农便名正言顺的管理整个人族，神农先是为人族以部落为单位的形式建造城池，成为人族的主要聚居地。
在先后推广五谷和建造城池之后，神农也得到了不少的功德，修为境界也从玄仙晋升至金仙境界。
而在神农推广了五谷并将种植五谷的方式传授给整个人族之后，让人族的粮食变得多了起来，而粮食一多，就容易出现浪费，特别是，并不是每一个人族部落都能够出现大丰收的，因此经常出现有些部落粮食过甚，有些部落粮食不足的情况。
为了解决这些问题，神农特地设立了交易所，让粮食不足的部落，能够用猎物、野果等东西来与粮食过甚的部落交换，获取足够的粮食，也极大丰富了人族的生活方式。
而在种植五谷的同时，也出现了一个非常棘手的难题，那就是五谷常常与野草杂生，这些杂草之中，还有一些事含有剧毒的毒草，一些人族难以分辨，因此常常会有人族因误食毒草而丧命的情况出现。
神农见状，也是忧心忡忡，于是前去求教自己的老师广成子，广成子得知神农的难处之后，马上返回昆仑山玉虚宫，向自己的师尊元始求教。
元始得知后，炼制了一件后天灵宝神农鞭，这神农鞭能够辨别植物，广成子将其赐予了神农。
得到神农鞭之后，神农便为人族分辨五谷与野草，因此也越来越少有人族因为误食毒草而丧命的事情出现了。
在解决了毒草事务之后，神农还发现，人族的体质不同于妖族、巫族，经常会出现病痛，然而因为缺少药物，得不到有效的治疗，出现死亡的情况。
为了让人族得到足够的药物治疗病痛，神农走遍天下，不顾自身安危，亲自为人族尝遍各种药物，也因此经常会因为食用一些有毒药物出现不适，如果不是有广成子的及时救治，再加上神农本就有金仙修为，恐怕早就没命了。
神农用了几十年的时间，走遍了整个人族，终于为人族寻觅到了能够医治病痛的药物，并且将这些药物的样子、名字、用效以及注意事项全部撰写出来，成书之后，神农将其命名为神农百草经。
神农百草经成书之后，神农便打算将其传授给人族各部落，但是这个时候，却出现了一个大难题，那就是神农作为一个金仙修士，他的神农百草经是用先天道文来撰写，这就导致神农百草经一般人族根本看不懂，就无法推广开来了。
混沌太初境中的太初在知晓这些之后，也是拍了拍脑袋，怎么就忘记了这么重要的事情呢？
于是给通天传音，让通天派出一名弟子前去人族寻找一个名叫仓颉的人族少年，教导其创造人族文字，能够得到大道功德。
得到太初的传音，通天也是非常的高兴，在看到玄都在人皇证道之后，晋升大罗金仙后期境界，通天第一次感觉到孔宣争夺三代首徒的难度有些增大了。
本来通天打算将人皇之师交给三弟子多宝了，这样多宝也能顺利晋升大罗金仙，但是在看到玄都的实力已经不下于孔宣的时候，通天便犹豫是不是让孔宣去教导人皇，在得到功德之后，孔宣说不定会直接突破混元金仙呢，这样三代首徒的位置才会稳，但是这样做，会导致孔宣与其他弟子的实力差距拉得太大，长久以往，于截教不利的。
现在有了教导仓颉这个功德，通天也解决了这个难题，于是通天便让多宝前去人族寻找仓颉。