大明王朝接手南洋府后，一场关乎海外疆土治理的制度设计在此展开。
实际上，在叶梦熊前来上任之前，制度都已经拟定的差不多了。
朝廷以“因地制宜，恩威并施”为原则，迅速构建起一套融合中原官制与地方特色的政治军事体系。
南洋府下设八县四州，每处州县的核心权力中枢均由大明秀才担纲。
知州、知县为一州一县之首，总揽行政、司法、赋税等要务，皆由吏部选派的大明秀才担任，确保总督府以及中央政令畅通。
县衙核心属官，县丞，佐理知县政务，分管粮马、户籍等具体事务，亦为大明秀才出身……
主簿，掌管文书、簿籍，协助县丞处理庶务，同样由科举出身的文人担任……
典史，负责监察狱囚、治安缉捕。
教谕，主管推行汉话教学，儒学教化。
当然，也设置土人官吏，在保留部分传统治理架构的基础上，朝廷对塔顺国下辖的区域进行了特殊安排，原本官员中威望较高、愿归顺大明的首领，可被任命为巡检、驿丞等职，负责本族内部的事务协调与驿站管理，但需接受州县主官的节制。
这些官吏的任免需州县衙们上奏总督府核准，其治所内亦会派驻一名大明秀才担任“监吏”，既传达政令，也监督其施政是否符合大明律例。
军事力量部署，这也是重中之重。