十一世纪，阿拉伯炼金术度过了鼎盛时期，开始走下坡路。因为这时的阿拉伯帝国开始变得**奢靡，经济衰退，又有外族入侵，炼金术这种需要花费大量金钱和实践的研究性工作，是没办法在这种动荡的社会中进行的。
这时候的西欧社会，经过数百年的黑暗，文化水平远低于东方，基督教会把内战的祸水引向他国，发起了十字军东征。他们被东方灿烂的文化震惊，尤其是当他们发现阿拉伯文化其实是以自己的祖先古希腊文化为基础的时候，长期以武为荣，忽视学习的西欧人忽然感到对知识的渴求。
于是炼金术又传入西欧。
十三世纪中叶，几位意大利医生根据阿拉伯炼金术士的方法，从葡萄酒中提取出一种“能够燃烧的水”，其实就是酒精。阿拉伯人虽然能制造，但由于伊斯兰教是禁酒的，所以对他们来说没有什么用处。但是对于西欧人，却是非常新鲜的东西，由于饮用之后令人有飘飘欲仙的感觉，人们以为这就是传说中的“生命之水”，炼金术掀起了热潮。
西欧没有“肉身不朽”的神仙说，所以他们对“长生不老”的兴趣远不如对“点铁成金”的兴趣大。西方的炼金术士称丹药为“哲人石”。炼金术士认为金是完美的金属，其他金属都是有缺陷的，而圣人的石头是能够治疗疾病的，当然也能治疗有缺陷的金属，让它们变成完美的黄金。
当时的皇帝和教会，对炼金术十分支持，毕竟是个发财的好手段啊。西方炼金术进入鼎盛时期。
《炼金术士玛丽》中，玛丽的最好成绩，就是做出令英格丽老师大吃一惊的贤者之石，当时我还以为这贤者之石不定有多么圣贤的作用呢，但是游戏到此结束了。在《炼金术士艾莉》中，才说明这贤者之石只是点金石而已，而且，那个靠点金石发大财的结局，也并不能算一个好结局。而《哈利-波特与魔法石》中的魔法石，也是指这种点金石，同时还具有令人长生不老的功能，对于黑巫师来说，还是这种功能更重要。
可是，这个哲人石到底是什么物质呢？据说是一种红色的石头，大概是其中有汞元素吧，但是它的炼制方法十分神秘，当然不可能流传于世了。
总之，炼金术们的努力工作，取得了很多成就。他们深入探求物质的组成原理，并且力图用实验来验证。炼金术向科学靠近的倾向，使教会十分不安，毕竟这种思想是会危及到对上帝的信仰。
于是炼金术成了“妖术”，毕竟炼金术也有一条炼伪金的小辫子抓在人家手里。
十四、十五世纪，是教会统治的黑暗时期。
直到十六世纪文艺复兴，宗教的禁锢被打开，科学技术都有新的发展，古老的炼金术幸运地遇到了一位奇人——帕拉塞尔苏斯。他是个医生，但是性格狂放，到处都找不到固定的工作。他给了炼金术一个新的定义：不只是炼金，只要是炼制纯净的物质或者有益的产品，都是炼金术。这下子，矿工、药剂师、甚至厨师都可算是炼金术士了。
由于帕拉塞尔苏斯是个医生，他认为炼金术的主要工作应该是炼药，而且，他把炼金术的地水火风四元素理论，改为硫汞盐三元素，其中硫代表可燃的气体，汞代表流动的**，盐则代表坚固不腐的固体。这个八成是来自中国的炼丹术，在中国炼丹术中，硫和汞历来被称为阴阳大药，是炼丹的基础。只是帕拉塞尔苏斯在其中又加入盐元素，可以更加完美的解释化学反应。
根据这个理论，人体生病是因为体内的三元素失去平衡，需要用矿物药品来调和。在这之前，医学界盛行的是体液平衡理论，药品以“**”丰富的动植物为主。帕拉塞尔苏斯的理论使医生开始以矿物药为主，这是医药化学的开端。
帕拉塞尔苏斯学派的医生们开始尝试各种从矿物中炼制的新药，当然也免不了很多失败，治死不少人，以至于被传统学派的医生叫做杀人的医生兵团、造毒药的恶魔。
不过帕拉塞尔苏斯学派的医生们渐渐掌握了各种矿石药的药性，由于他们抛弃了传统的“万灵药”观点，采用对症下药的方法，终究还是不断克服了各种疾病。
十七世纪，他们的称呼由炼金术士。所以，现代化学中的很多符号，其实都是起源于炼金术的，比如化学方程式中用于表示加热的那个三角形，就是炼金术中表示火的符号，同样还有一个向下的三角形，是表示水的。
当然由炼金术到化学的转变也不是一下子完成的，这期间有无数的学者研究、推测、验证。总之，终于，神秘莫测的炼金术变成了井井有条的化学。(全本小说网 www.qUAnbEn-xIaosHuo.com)