说永乐帝登极称帝，当然要诏告天下了，群臣都一起推荐方孝孺草拟诏书，于是便请他上殿。
不料方孝孺穿一身孝衣上来伏地大哭建文帝，永乐帝既尴尬又不禁有点感动，劝道：“先生毋自苦，请起来回话。”
方孝孺即质问：“你口口声声说要效法周公辅成王，如今成王安在？”
永乐帝反问道：“先生不知他已投火自尽了吗？”
“何不立他的长子？”方孝孺再问。
永乐帝皱眉，道：“国赖长君不利幼冲。”
“何不立他的兄弟？”方孝孺步步紧逼。
永乐帝的脸色变了，即斥责道：“帝王家事，岂是你能议论？”
言此，平复一下心情，道：“令师‘宋濂’是我最敬重的一代大儒，而道衍先生也要我留你一命，只要你起草诏书，往事一概既往不咎。”
命人取来纸笔，递给方孝孺。
不想，被方孝孺狠摔在地上，边哭边骂。
永乐帝又好气又好笑，威胁道：“尔想一死以全所谓的名节，独不顾九族乎？”
方孝孺愤而回道：“即便你诛我九族又有何妨。”
言罢即趴在地上，拿起纸笔大书四字“燕贼篡位”。
永乐帝气得脸色发青，立即叫人用刀割裂他的嘴巴至两耳处，下令将其家人、宗族、亲属等九族，外加其门生弟子等好几百人尽数押往刑场斩首。
刑场上的方孝孺见亲友一个个即将被杀头，不禁泪下，他的弟弟方孝友即作诗安慰道：“阿兄何必泪涟涟，取义成仁在此间。华表柱头千载后，旅魂犹自到家山。”
方孝孺则高吟“绝命词”：“天降乱离兮，孰知其由。奸臣得计兮，谋国用酋。忠臣发愤兮，血泪交流。以此殉君兮，抑又何求？”
这一对兄弟可谓有气节矣，正是“难兄难弟”一词的由来。
笔者写道此处不禁慨叹永乐帝实在残暴亦！华夏自古最重的刑罚不过诛九族，但他竟然加了方孝孺的门生一族，可谓空前绝后。
但反过来说迂腐之极的方孝孺自己求死也就算了，何苦非拉着自己的宗族、亲友、门生陪葬？他常常标榜自己是圣人弟子，把忠君爱国作为座右铭，却为什么不顾至亲的死活，于心何忍？
可见“孔孟”之学亦能使人丧失心智、泯灭人性。可赞乎？可悲乎？可为后来者戒乎？
接下来黄子澄被人押解到京城，永乐帝亲自在大殿上审问这个“始作俑者”。
黄子澄自知难免一死，仍直呼“殿下”而不称“陛下”，并讥嘲道：“殿下‘不道’的行为，不可为训，恐子孙有效尤者。。。”
永乐帝没心情听他啰嗦，就让他将自己的罪行写下来。黄子澄即写道：本为先帝臣，不职谏削藩权不早，以成此凶残，后嗣慎不足法。永乐帝大怒，立即命人将他碎尸于市，诛其九族。
惟其子侥幸逃脱，改姓田，从此隐姓埋名地远离京城。
齐泰更没能幸免，他本是奉密诏去徽州募兵的，当京师陷落，到处都是捉拿他的告示，他慌了。便用黑墨把坐骑白马抹成黑色，但因匆匆赶路而马累得出汗，被人认了出来，逮到京城。
前文已经讲过，对于削藩以及针对燕王最激进的就是齐泰，也是朱棣最恨的两个人之一。
不仅落个腰斩于市、株连族人，而且齐泰的姐姐和两个外甥女被送进了官办的妓院“教坊司”，每天让二十多个强壮北汉轮流奸污，直至被折磨致死抛尸荒野，下场极为凄惨。
永乐帝对另一个最厌恶的建文旧臣铁铉更不手软，不仅实现了济南城下的诺言（事见济南战役），把他削鼻割耳、撂进油锅，而且将他的妻子杨氏和两个女儿也送进教坊司。杨氏病死后，在
别人的劝说下，朱棣才赦免了他们的两个女儿。
永乐帝最不想杀掉的不归顺的建文旧臣有两个，一是原户部侍郎卓敬，二是谷王府长吏刘璟。
先说卓敬的主张是“徙藩”，以弱其势力，这样既可保朝廷的基业，又不伤皇帝与诸叔的情分，实乃上上之选（永乐帝后来基本上实行这个政策）。
永乐帝怜其才，把他关进大牢里很多年不忍坏其性命，并且找了不少说客劝他回心转意，但都被他泣绝。
后来道衍来京，劝帝道：“卓敬虽是一书生，但有英雄才略。既不能为朝廷所用，就不要养虎遗患。以免为‘有心人’所用。”永乐帝醒悟，才下决心杀了他。
卓敬临刑，从容叹道：“变起宗亲，略五经划，敬死有余罪。”